ПАНДАН
x
Институт междисциплинарных медицинских исследований (ИММИ)
x
Институт междисциплинарных медицинских исследований (ИММИ)
Рождение пациента
OUR COMPANY
Bring Your Ideas to Life
Everything that you dreamed of can be brought to life exactly at the moment when you decide to win.
Рождение пациента
ПАНДАН
x
Институт междисциплинарных медицинских исследований (ИММИ)
Цель проекта
Провести работу по очистке набора данных, чтобы создать возможности для анализа причин госпитализации новорожденных детей в стационары г. Санкт-Петербург в 2014–2025 гг.
Данные
- Новорожденные, прошедшие через службу РКЦН (реанимационно-консультативный центр для новорожденных)34503 строки (случая), 81 колонка (данные о матери и ребенке) за 2014-2022 гг.
Ограниченные данные по тяжести (реанимация и патология новорожденных) и роддомам за 2023-2025 гг. - Сведения о всех родах в Санкт-ПетербургеОбщее количество родившихся, ЭКО, роды вне ЛПУ, преждевременные роды, двойни/ тройни, мертворождения, недоношенные дети. Есть годовые отчеты за 2018 и 2019 гг. Для данных 2020-2025 гг. доступна помесячная статистика
- НИИ гриппа имени А.А. СмородинцеваДанные о количестве заболевших ОРВИ в разных возрастных группах по неделям с 2014 по 2025 г.
Ключевой этап - чистка базы данных РКЦН
Что было сделано?
Оценка качества очистки данных производилась несколькими способами
Проверка медицинским экспертом: оценка выбросов; выявление ошибок; экспертная разметка данных для обучения и тестирования модели; объяснение артефактов и аналитических находок.
Ревью кодов техническими экспертами.
Ревью кодов техническими экспертами.
Приведение данных к корректному формату
Была произведена унификация данных, введенных вручную. А также приведение к нужному формату данных с датами/ временем.
Примеры:
Примеры:
- названия роддомов
- диагнозы ребенка
- продолжительность безводного периода (переведена в минуты)
- и др.
В ряде случаев производилось изъятие данных из других колонок для восполнения пропусков.
Примеры:
- для 1025 случаев гестационный возраст ребенка был восстановлен из колонок с диагнозами;
- указание на проведение ЭКО было в колонке с экстрагенитальными патологиями матери
Формирование новых признаков
Были добавлены новые колонки.
Например:
Например:
- количество КС (кесаревых сечений) было выведено из колонки с продолжительностью второго этапа родов.
Были выявлены и удалены (или изъяты из анализа) ненадежные данные.
Примеры:
- колонка с рисками и вредными факторами (курение, алкоголь, наркотики)
- акушерский анамнез у матерей, для которых отмечено "0" беременностей и "0 родов"
- и др.
Примеры технических вызовов и решений
Приведение данных к формату, удобному для анализа
Проблема: диагнозы новорожденных представлены в виде слабоструктурированных текстовых данных - кодов по справочнику MKB10 и текста свободного ввода с сокращениями, опечатками и грамматическими ошибками.
Цель: все диагнозы приведены к кодам MKB10.
Цель: все диагнозы приведены к кодам MKB10.
Значимые для аналитических задач группы диагнозов:
- Пороки сердца
- Пороки почек
- Диафрагмальные грыжи
- Атрезия пищевода
- Дефекты брюшной стенки
- Аномалии нервной системы
- Родовая травма
- Аспирационный синдром
- Асфиксии
- Недоношенность
Как справлялись
Классические эвристические методы работы с текстом
Большое количество разнообразных опечаток в указанных МКБ-кодах (вплоть до кириллицы в латинских шифрах) приводило к потери части данных. Учесть в регулярных выражениях все комбинации опечаток оказалось крайне затруднительным, к тому же сложные регулярные выражения приводили с ложным срабатываниям.
- Регулярные выражения
- Токенизация
Большое количество разнообразных опечаток в указанных МКБ-кодах (вплоть до кириллицы в латинских шифрах) приводило к потери части данных. Учесть в регулярных выражениях все комбинации опечаток оказалось крайне затруднительным, к тому же сложные регулярные выражения приводили с ложным срабатываниям.
LLM
Ручная экспертная разметка (700 диагнозов и 50 самых часто встречающихся токенов)
Разработка нескольких версий промпта
Инференсы Qwen-3.5-35B
Оценка результатов
Пример ложного срабатывания:
Паттерн: r'[А-Я]\d{2}\.\d'
(заглавная кириллическая буква, две цифры, точка, цифра)
=> НЕДОНОШЕННОСТЬ33.34недели
Паттерн: r'[А-Я]\d{2}\.\d'
(заглавная кириллическая буква, две цифры, точка, цифра)
=> НЕДОНОШЕННОСТЬ33.34недели
Разработка промпта
- справочник МКБ10 с кодами, актуальными только для новорожденных детей
- подробное ТЗ с учетом всех нюансов
- 20 размеченных примеров
- 20 строгих правил на основе размеченных токенов, формата:
Главный вызов: дать модели достаточно данных для корректного дообучения (in-context learning) в области неонатологии, но, в то же время, избежать переобучения из-за слишком строгих правил или слишком большого количества примеров.
Итог: две версии промпта (расширенный исокращенный), два финальных инференса модели.
Оценка результатов инференса Qwen-3.5-35B
Выбранная метрика: accuracy
Всего размеченных тестовых диагнозов: 603.
Расширенная версия промпта: 7 ошибок, Accuracy = 0,988.
Сокращенная версия промпта: 20 ошибок, Accuracy = 0,967.
=> Выбрана расширенная версия промпта.
Accuracy (правильность) = (кол-во верных предсказаний/общее кол-во предсказаний)
Всего размеченных тестовых диагнозов: 603.
Расширенная версия промпта: 7 ошибок, Accuracy = 0,988.
Сокращенная версия промпта: 20 ошибок, Accuracy = 0,967.
=> Выбрана расширенная версия промпта.
Zero Block
Click "Block Editor" to enter the edit mode. Use layers, shapes and customize adaptability. Everything is in your hands.
Tilda Publishing
create your own block from scratch
Сравнение оригинального формата диагнозов и результата инференса большой языковой модели
What programs does the Higher School of Art and Design offer?
The British Higher School of Art and Design (BHSAD) is a partner of the University of Hertfordshire (UH) running six validated BA (Hons) programs. Upon successful completion of studies, BHSAD students are eligible to receive academic awards issued by the University of Hertfordshire and identical to those provided for UH graduates. Our students can transfer freely to UH and return back for any semester during their studies.
We are a leading firm in providing quality and value to our customers. Each member of our team has at least 5 years of legal experience. We love what we do.
Our managers are always ready to answer your questions. You can call us during the weekends and at night. Also, you can visit our office for a personal consultation.
Our company works according to the principle of individual approach to every client. This method allows us to succeed in tasks of any level.
Аналитические задачи
Примеры задач, которые можно решить с помощью нашей базы данных
- Провести сравнение показателей учреждений родовспоможения1
- Изучить частоту переводов детей в стационары в зависимости от сезона/ дня недели2
- Проверить связь между возникновением осложнений (травмы, асфикции) у доношенных детей и временем суток3
- Изучить распределение рождения детей с определенными пороками/ весом/ гестационным возрастом по месяцам4
- Изучить связь между возрастом матери и рождением ребенка с низким весом/ недоношенного5
- Проверить гипотезы о связи пиков сезонных инфекций с заболеваемостью новорожденных6
Аналитическая задача - переводы из роддомов
Визуализация переводов из роддомов
Тепловая карта роддомов (по месячно)
Динамика переводов по годам
Тепловая карта роддома (за весь период)
"Рейтинг" роддомов по переводам
Интерактивная тепловая карта показывает, как распределялись
переводы новорождённых из роддомов по месяцам, годам и типу заключения.
Аналитика помогает найти общую сезонность, пики, сравнить роддома между собой в рамках года.
переводы новорождённых из роддомов по месяцам, годам и типу заключения.
Аналитика помогает найти общую сезонность, пики, сравнить роддома между собой в рамках года.
Рейтинг роддомов показывает суммарное количество переводов за выбранный период и их структуру по типу заключения.
Аналитика помогает сравнить роддома между собой, увидеть лидеров по числу переводов и оценить долю реанимации в общем объёме.
Аналитика помогает сравнить роддома между собой, увидеть лидеров по числу переводов и оценить долю реанимации в общем объёме.
Интерактивная тепловая карта в рамках выбранного роддома.
Позволяет более детально изучить конкретный роддом
Позволяет более детально изучить конкретный роддом
Годовая динамика по роддомам показывает изменение числа переводов для каждого роддома отдельно. Аналитика помогает сравнить тренды, увидеть устойчивый рост или снижение.
Результаты
- Подготовлен BI инструментДля заказчика подготовлены интерактивные графики, с помощью которых он может самостоятельно проводить анализ, опирайся на контекст предметной области.
- Обновление данныхРешение поддерживает обновление исходных данных. Такой
подход даёт заказчику основу для регулярного мониторинга уже текущих показателей. - Обеспечена интерпретируемость данных и снижена зависимость от ручной аналитикиГрафики построены так, чтобы заказчик мог не только видеть значения, но и понимать контекст: в какие периоды возникают всплески и как меняется структура переводов и т.д.
Исследование переводов из роддомов
Группировка
Нормализация данных
Методика расчета
Роддома были сгруппированы поколичеству родов:
Для корректного сравнения роддомов абсолютное
число переводов было нормализовано через расчёт коэффициента переводов на 100 родов.
- от 4 до 7 тысяч
- от 3 до 4 тысяч
- до 3 тысяч
- частные
- Статистическая значимость отклонений проверяется с помощью точного теста Фишера.
- После чего p-value корректируются методом Benjamini-Hochberg FDR для учёта множественных сравнений.
Метод сравнивает каждый месяц роддома с его собственной историей
Для каждого роддома проверяется, был ли коэффициент переводов в конкретном месяце статистически выше, чем в остальные периоды этого же роддома.
Для каждого роддома проверяется, был ли коэффициент переводов в конкретном месяце статистически выше, чем в остальные периоды этого же роддома.
Переводы в рамках группы и месяца
Метод сравнивает роддом с похожими роддомами своей группы.
Для каждого месяца проверяется, был ли коэффициент переводов в конкретном роддоме статистически выше, чем у остальных роддомов той же категории за тот же период.
Такой подход помогает выявить отклонения от сопоставимой группы роддомов.
Для каждого месяца проверяется, был ли коэффициент переводов в конкретном роддоме статистически выше, чем у остальных роддомов той же категории за тот же период.
Такой подход помогает выявить отклонения от сопоставимой группы роддомов.
Переводы в рамках роддома
Сравнение с собственной историей роддома
Сравнение с похожими роддома
Результаты исследования переводов(позже допишу)
Результаты проекта
Состав группы
Наставники:
- Артемий Минаков – Врач реаниматолог-неонатолог; исследователь ИММИ ЕУСПб
- Анастасия Новкунская – социолог, PhD in Social Sciences, доцент и академический директор ИММИ ЕУСПб
- Валерия Бузмакова – исследователь ШВСН ЕУСПб
- Александр Сергеев – исследователь ШВСН ЕУСПб
Исполнители:
- Ярослав Кашкарев
- Дарья Литвина
- Галина Лоскутникова
- Виктор Леденев
- Тимофей Анненков
Тут дно типа пандан|ЕУ|все дела
